Η λειτουργία της MySQL μπορει να ρυθμιστεί τροποποιώντας το αρχείο my.ini το οποίο βρίσκεται στο φάκελο της MySQL.
Αν η MySQL έχει εγκατασταθεί με το Pegasus ERP τότε βρίσκεται στο φάκελο C:\TESAESA\MySQLServer.
Σε παλιότερες εκδόσεις μπορεί να είναι στο φάκελο C:\Program Files\TESAE SA\MySQLServer

Σημειώνουμε ότι κάθε επέμβαση στο my.ini θα πρέπει να γίνεται με προσοχή. Καλό είναι να πάρετε αντίγραφο πριν από κάθε επέμβαση.
Επίσης για να ενεργοποιηθούν οι νέες παράμετροι θα πρέπει να κάνετε επανεκκίνηση του MySQL Server (μέσα από τις υπηρεσίες - services - του υπολογιστή κάνετε λήξη και έναρξη του service )

Οι περισσότερες παράμετροι που χρησιμοποιούμε υπάρχουν ήδη στο αρχείο, οπότε θα πρέπει να τις βρείτε και να αλλάξετε τις τιμές τους.

Κάποιες από τις σημαντικές ρυθμίσεις που μπορείτε να κάνετε περιγράφονται παρακάτω:

1. innodb_buffer_pool_size
Στην εγκατάσταση με το Pegasus ERP ο server λειτουργεί με αρχεία τύπου Innodb. Ορίζοντας μία μεγάλη τιμή στην παράμετρο αυτή, βελτιώνει την ταχύτητα με την οποία ανταποκρίνεται η εφαρμογή στις καταχωρήσεις και τις αναζητήσεις.
Θέλει προσοχή η τιμή που θα ορίσετε καθώς αν είναι τόσο μεγάλη ώστε να μην μπορουν τα windows να την διαθέσουν δεν θα ξεκινήσει η MySQL.
Καλό είναι να δοκιμάσετε μία τιμή η οποία είναι κοντά στο 1GB.
π.χ.
innodb_buffer_pool_size=1024M

Στην MySQL 5.6 θα πρέει να ρυθμίσετε ανάλογα και το 

innodb_buffer_pool_instances=1

Με αυτήν ορίζετε σε ποσα κομμάτια θα σπάει η παραπάνω μνήμη. Καλό είναι τα κομμάτια στα οποία σπάει να μην είναι μικρότερα του 1GB 
Οπότε αν innodb_buffer_pool_size=2G τότε μπορεί να είναι
innodb_buffer_pool_instances=2

2. wait_timeout
Ο χρόνος που επιτρέπεται ο server να είναι αδρανής. Είναι χρήσιμο να αυξήσουμε την τιμή στην περίπτωση που η εφαρμογή μας βγάζει μηνύματα λάθους "Server has gone away"
π.χ. για αναμονή 24 ώρες μπορείτε να ορίσετε

wait_timeout = 86400

3. max_allowed_packet
Ορίζει το μέγιστο μέγεθος πακέτου δεδομένων που μπορεί να μεταφέρει η εφαρμογή στον server. Θα χρειαστεί νατο αυξήσετε στην περίπτωση που για παράδειγμα θέλετε να ανεβάζετε μεγάλα αρχεία στην αρχειοθέτηση και βγάλει η εφαρμογή ανάλογο μήνυμα.
Η παρακάτω έκφραση ορίζει το μέγιστο μέγεθος στα 5M.

max_allowed_packet = 5M

4. innodb_lock_wait_timeout
Ορίζει το μέγιστο χρόνοπου θα περιμένει ένα transaction για να κλειδώσει. Οσο μεγαλύτερη είναι η βάση σας, τόσο πιθανότερο είναι να χρειάζεται περισσότερος χρόνος. Τον χρόνο τον ορίζετε σε δευτερόλεπτα. Η default τιμή είναι 50.

Η παρακάτω έκφραση ορίζει το μέγιστο χρόνο σε 100 δευτερόλεπτα.
innodb_lock_wait_timeout=100

5. connect_timeout
Ο χρόνος που επιτρέπεται μία σύνδεση να είναι αδρανής. Είναι χρήσιμο να αυξήσουμε την τιμή στην περίπτωση που έχουμε αργό δίκτυο και η εφαρμογή μας βγάζει μηνύματα λάθους "Server has gone away" από κάποια ή όλα τα τερματικά.
π.χ. για αναμονή 2 λεπτά μπορείτε να ορίσετε

connect_timeout = 120

6. lower_case_table_names
Αν θέσετε τιμή =1, τότε η αποθήκευση και η αναζήτηση των πινάκων της εφαρμογής δεν διαφοροποιεί τα ονόματα βάση των κεφαλαίων ή πεζών γραμμάτων. Είναι χρήσιμο όταν η MySQL τρέχει σε περιβάλλον linux.

7. port
Ορίζει την πόρτα στην οποία λειτουργεί η MySQL. Η MySQL χρησιμοποιεί την 3306 ( port=3306 )
Αν την εγκατάσταση της MySQL την έχετε κάνει με το Pegasus η πόρτα που χρησιμοποιεί συνήθως είναι η 50002 (port=50002). Στην MySQL 5.6 μπορεί να έχει οριστεί η 50062 (port=50062)
Αν θέλετε να αλλάξετε την πόρτα καλό είναι να ψάξετε στο my.ini μήπως είναι δηλωμένη περισσότερες από μία φορές. 

8. Φάκελοι Δεδομένων

Μέσα στο my.ini Μπορείτε να ορίσετε το φάκελο που αποθηκεύει τα δεδομένα και το φάκελο της mysql. Είναι απαραίτητο να αλλάξετε τις συγκεκριμένες παραμέτρους αν θέλετε να μεταφερετε την mysql σε άλλο φάκελο ή δίσκο. Οι φάκελοι που ορίζετε θα πρέπει να υπάρχουν στο σύστημα. Δεν τους δημιουργεί η MySQL.
Ακολουθεί παράδειγμα ορισμού των φακέλων:
# Path to installation directory. All paths are usually resolved relative to this.
basedir="C:/TESAESA/MySQLServer/"
# Path to the database root
datadir="C:/TESAESA/MySQLServer/Data"
# Path for temporary files
tmpdir="C:/TESAESA/MySQLServer/temp/"

Περισσότερες μεταβλητές για το innodb και την MySQL μπορείτε να βρείτε στο site της MySQL. Για την έκδοση MySQL 5.0, που περιλαμβάνεται στο installation των εφαρμογών Pegasus ERP μπορείτε να στην ανάλογη σελίδα.