Το Pegasus ERP εγκαθιστά την MySQL 5.0 με την εγκατάστασή του και την χρησιμοποιεί. 
Σε πολλές εγκαταστάσεις, λόγω όγκου, όμως είναι χρήσιμο να μεταβούμε στην χρήση της MySQL 5.6 
Ενας καλός τρόπος για την μετάβαση είναι ο εξής: 

α. Παίρνουμε backup από την εφαρμογή και το αποθηκεύουμε στο φάκελο basic\start με όνομα pegerp.sql 
β. Σταματάμε το service της παλιάς MySQL (συνήθως έχει όνομα MySQL ή MySQL Instanse for Pegasus)
γ. Εγκαθιστούμε την MySQL 5.6 με την χρήση του αρχείου TESAESA_MySQL_56. Το αρχείο περιέχει τον MySQL Server 5.6 (32 και 64 bit) με τον οποίο έχουν γίνει δοκιμές λειτουργίας του Pegasus ERP. 
Διαβάστε προσεκτικά το _readme.txt που περιέχει.

δ. Τρέχουμε την εφαρμογή. Επειδή δεν θα βρεί τον MySQL server, δίνουμε σαν πόρτα την 50062. Συνεχιζοντας κάνει την εγκατάσταση της εφαρμογής κανονικά. 

Στην συνέχεια θα πρέπει να: 
α. Ενεργοποιήσουμε την εφαρμογή πάλι. 
β. Να ανοίξουμε στο firewall την πόρτα 50062. 
β. Να τρέξουμε την εφαρμογής από τα τερματικά και να ορίσουμε την νέα πόρτα (50062)

Σημείωση 1. 
Μπορείτε να τροποποιήσετε τις ρυθμίσεις του MySQL Server επεμβαίνοντας στο αρχείο TESAESA\MySQL_56_32b\my.ini (ή TESAESA\MySQL_56_64b\my.ini). To αρχείο το ανοίγετε με το Notepad. Πιθανές τροποποιήσεις που θα χρειαστούν είναι: 
α. Να αλλάξετε την πόρτα σε 50002 (αντί της 50062) στον νέο server για να μην χρειαστεί να γίνουν άλλες αλλαγές στο σύστημα. Για να γίνει αυτό θα πρέπει στο My.ini να βρείτε το 50062 και να το αλλάξετε με το 50002 (υπάρχει σε 2 σημεία στο αρχείο). 
β. Αν το σύστημά σας δεν έχει αρκετή μνήμη μπορεί να μην ξεκινήσει το service. Σε αυτήν την περίπτωση θα πρέπει να αλλάξετε, στο my.ini, την τιμή της παραμέτρου innodb_buffer_pool_size. Για παράδειγμα από: 
innodb_buffer_pool_size=1G δοκιμάστε την τιμή 
innodb_buffer_pool_size=512M . 
γ. Αν έχετε μεγάλο αρχείο backup, καλό είναι να αλλάξετε, στο my.ini, την παράμετρο max_allowed_packet. Για παράδειγμα 
max_allowed_packet=1000G

Ολες οι αλλαγές που γίνονται στο my.ini απαιτούν επανέναρξη του service για να ενεργοποιηθούν. 

Σημείωση 2. 
Στην MySQL 5.6 δεν μπορεί να λειτουργήσει το mysqldump.exe της 5.0 που χρησιμοποιεί η εφαρμογή για το backup. Σε αυτήν την περίπτωση χρησιμοποιεί το ανάλογο αρχείο της 5.6 με όνομα mysqldump56.exe το οποίο θα πρέπει να υπάρχει στο φάκελο της εφαρμογής αν έχετε κάνει τις απαραίτητες αναβαθμίσεις. Μπορείτε να τα βρείτε και στο Pegasus_ERP_lib.rar

Σημείωση 3.
Στον MySQLServer που θα κατεβάσετε από το παραπάνω link, έχουν προστεθεί δύο επιπλέον collation για τα ελληνικά, που παρέχουν την δυνατότητα:
α. greek_general_latin_ci: τροποποιημένο ώστε οι Ελληνικοί χαρακτήρες που μοιάζουν με τους λατινικούς να έχουν ίδιο βάρος στις αναζητήσεις και τις ταξινομήσεις.
β. greek_general_keyb_ci: τροποποιημένο ώστε οι Ελληνικοί χαρακτήρες να έχουν ίδιο βάρος με τους αντίστοιχους χαρακτήρες που είναι στην ίδια θέση στο πληκτρολόγιο (π.χ. το V και το Ω).
Στο _readme.txt που περιέχει θα βρείτε τις οδηγίες ενεργοποίησης του κατάλληλου collation.