Το Pegasus ERP εγκαθιστά την MySQL 5.0 με την εγκατάστασή του και την χρησιμοποιεί. 
Σε πολλές εγκαταστάσεις, λόγω όγκου, όμως είναι χρήσιμο να μεταβούμε στην χρήση της MySQL 5.6 
Ενας καλός τρόπος για την μετάβαση είναι ο εξής: 

α. Παίρνουμε backup από την εφαρμογή και το αποθηκεύουμε στο φάκελο basic\start με όνομα pegerp.sql 
β. Σταματάμε το service της παλιάς MySQL (συνήθως έχει όνομα MySQL ή MySQL Instanse for Pegasus)
γ. Εγκαθιστούμε την MySQL 5.6
Μπορούμε να κάνουμε την εγκατάσταση με την χρήση των αρχείων TESAESA_MySQL_56_64b.rar (για 64 bit Server) ή TESAESA_MySQL_56_32b.rar (για 32 bit Server)

δ. Τρέχουμε την εφαρμογή. Επειδή δεν θα βρεί τον MySQL server, δίνουμε σαν πόρτα την 50062. Συνεχιζοντας κάνει την εγκατάσταση της εφαρμογής κανονικά. 

Στην συνέχεια θα πρέπει να: 
α. Ενεργοποιήσουμε την εφαρμογή πάλι. 
β. Να ανοίξουμε στο firewall την πόρτα 50062. 
β. Να τρέξουμε την εφαρμογής από τα τερματικά και να ορίσουμε την νέα πόρτα (50062)

Σημείωση 1. 
Μπορείτε να τροποποιήσετε τις ρυθμίσεις του MySQL Server επεμβαίνοντας στο αρχείο TESAESA\MySQL_56_32b\my.ini (ή TESAESA\MySQL_56_64b\my.ini). To αρχείο το ανοίγετε με το Notepad. Πιθανές τροποποιήσεις που θα χρειαστούν είναι: 
α. Να αλλάξετε την πόρτα σε 50002 (αντί της 50062) στον νέο server για να μην χρειαστεί να γίνουν άλλες αλλαγές στο σύστημα. Για να γίνει αυτό θα πρέπει στο My.ini να βρείτε το 50062 και να το αλλάξετε με το 50002 (υπάρχει σε 2 σημεία στο αρχείο). 
β. Αν το σύστημά σας δεν έχει αρκετή μνήμη μπορεί να μην ξεκινήσει το service. Σε αυτήν την περίπτωση θα πρέπει να αλλάξετε, στο my.ini, την τιμή της παραμέτρου innodb_buffer_pool_size. Για παράδειγμα από: 
innodb_buffer_pool_size=1G δοκιμάστε την τιμή 
innodb_buffer_pool_size=512M . 

Ολες οι αλλαγές που γίνονται στο my.ini απαιτούν επανέναρξη του service για να ενεργοποιηθούν. 

Σημείωση 2. 
Στην MySQL 5.6 δεν μπορεί να λειτουργήσει το mysqldump.exe της 5.0 που χρησιμοποιεί η εφαρμογή για το backup. Σε αυτήν την περίπτωση χρησιμοποιεί το ανάλογο αρχείο της 5.6 με όνομα mysqldump56.exe το οποίο θα πρέπει να υπάρχει στο φάκελο της εφαρμογής αν έχετε κάνει τις απαραίτητες αναβαθμίσεις. Μπορείτε να τα βρείτε και στο Pegasus_ERP_lib.rar

Σημείωση 3.
Η MySQL 5.6 έχει compiled το greek collation, οπότε δεν υποστηρίζεται η λύση αλλαγής της αναγνώρισης ελληνικών και λατινικών χαρακτήρων που περιγράφεται στον φάκελο query\drivers\greek_collation και query\drivers\greek_cl_keyb της εφαρμογής (με αλλαγή του share\charsets\greek.xml)